(1)首先要本着治病治本的原则，明确诊断，对症下药。一般儿科最常见的是感染性疾病，要根据症状、体征及实验室材料来判断是病毒、细菌、真菌、寄生虫等哪种病原体感染。即使是细菌感染，也要分析是革兰氏阳性球菌还是革兰氏阴性杆菌，以便选用不同的抗生素，这样可以提高疗效。
(2)了解患儿的正常代谢、各器官的功能及个体差异。小儿由于年龄的不同，各器官组织的成熟程度不同，对药物的耐受力也不同。有肝毒作用的药物，对肝脏疾病患儿要慎用；婴儿不会主诉耳鸣，故应用氨基糖苷类药物时，应注意对听神经的损害，这样可尽量减少用药带来的不良反应。
(3)了解药物本身的作用和副作用、药物的剂量及用法。很多药物有多种药理作用，在治疗某一种疾病时，只是利用其中一种作用，而其他作用则可能对患儿带来副作用。
例如，使用阿托品抢救感染中毒性休克时，主要利用阿托品是一种抗胆碱药，它能断胆碱能受体，使介质乙酰胆碱不能与受体结合而呈现与拟胆碱药相反的作用，目的是为了解除平滑肌痉挛，包括解除血管痉挛，改善微循环，纠正休克。但其抗胆碱作用还可以抑制腺体分泌，解除迷走神经对心脏的抑制，使心率加快、瞳孔散大、眼压升高。故在抢救休克时，要加强呼吸道湿化，防止痰液干结；另外要密切注意心率、血压的变化，这样在使用阿托品时才能做到及时发现不良反应，并给予适当的处理。
(4)从经济有效方面考虑。在选择药物时，既要考虑到药物的疗效，也要考虑到经济负担。例如，能用国产药品，则应尽量少用进口药品；能用中药治疗，既省钱又安全，就不要盲目使用西药加中药；能用当地生产的药品，不要一味相信外地药品。当然，合理用药的前提是药物的质量和疗效，在此前提下考虑价格和产地也是必要的。