有人提出，音乐胎教也是存在不足的：
1、胎教是一种交叉科学，它跨越教育学、医学和生理学三个门类。医学中的理论、技术和药品要用于人类，首先必须经过动物实验，在没有问题的基础上，再进行临床的三期验证，证明有无毒副作用。从事胎教理论研究和实际工作的人大多是妇产科的临床医生。那么如果说胎教是一种医疗行为，它就必须遵守医师法，医师法中的有关要点有两个，一是行医者必须是职业医师，二是采用的方法要经过科学论证，因此我们要考虑，这些人有没有胎教医师执照，如果没有，就属于非法行医!
2、音乐通过母体的传递，被胎儿的听觉神经感受到时已不再是原有意义上的和谐的旋律与节奏，而只是一个单纯的物理声波，是有害的噪声。
3、通过刺激，胎儿有所反应的确是事实，但如何证明这是一种良性的，而不是恶性的反应，要给出的严格证明是非常复杂的，缺少了这样的证明的科学只能是伪科学。
4、从纯生理学的角度来看，这些实验都是不符合生理学原则的，他们根本没有按生理学原则来设计这些实验。它所呈现的那些规律要经受时间、空间的考验，这样才能称其为科学。