百日咳是由病人呼吸系统飞沫中的细菌经呼吸道传染别人，很多时在一个家庭内家人互相传染。
虽然任何年龄人士均有机会患上百日咳，但一般仍以儿童为大多数。6个月以下的婴儿患染，危险性较大，死亡率也较高。
百日咳菌可在人体内潜伏1星期至10天方才病发。病发之初症状与一般伤风无异，患者有咳嗽、流鼻水等症状，此阶段百日咳的传染性最高。患者出现严重的阵咳，甚至咳至呕吐，非常辛苦。6个月以下的婴儿可能咳得透不过气，面部发黑，有窒息的危险。其后一段似乎开始康复的时期出现，患者的病状似缓和不少，但最后仍侍续咳嗽约1星期。
百日咳在1岁以下的儿童身上可引致抽筋、脑炎等并发症，严重者更可致命。
在百日咳病发的第一阶段，若病人服用抗生素，可减轻病情，帮助预防并发症，也可控制其传染性，避免再传播开去。
目前有些地方的儿童分多次接受百日咳预防疫苗，这种疫苗可令身体产生一定的反应。孩子会在注射后24至48小时内发烧，打针的部位呈红肿及疼痛，不过这些不适其后都会自动消失。有些孩子在接受注射后出现抽筋现象，家长担心之余，常误认为注射引起抽筋。其实，这种情形多半是发高烧引起，或病人本身已有抽筋的倾向。无论如何，这种抽筋都比百日咳并发脑炎引起的抽筋安全得多。而预防抽筋，家长应注意孩子接受注射后的护理及体温的控制。