疫苗的保护时间很难确定。有的疫苗可以明确地说保护10年，有的能达到三四年，但是从科学的角度说，过去的疾病免疫模式和现在的疫苗免疫模式，在免疫持久性方面有很大的不同。过去是患病后得到终身免疫，比如小时得了一次麻疹，今后就不会再得。可是，疫苗的抗体在体内维持一段时间，会有个半衰期，逐渐减弱。以前传染病发病率较现在高，周围人群的发病，可以使个体体内的抗体水平不断加强，从而具有免疫力。但现在随着传染病发病率的降低，有些传染病已经很少发生，疫苗是否能达到终生免疫，在传染病学上还不能确定。主要是通过观察，得出一种疫苗能够保护多少年的结论。
有的疫苗在孩子很小时接种最后一针，就不会再打了，但它通过以后的自然感染，逐渐加强。比如很多人是乙脑病毒携带者，但并不会发病，当孩子接触了病毒携带者后，可能体内也会出现病毒，但并不足以发病。这种病毒对身体的反复刺激，就在反复加强抗体水平，从而达到保护目的。