人类子宫是由副中肾管发育衍变形成的器官。双侧管腔融合不全，或融合后的纵隔未吸收或吸收不全，均可导致子宫畸形。各种子宫畸形中，不同程度的子宫纵隔占80%左右，也是引起早期流产最常见的子宫畸形。子宫纵隔导致流产是由于纵隔缺乏血管及子宫内膜发育不良，受精卵在纵隔着床时，因血供不足影响胎盘胎儿的发育而致流产。其他畸形包括单角子宫、双角子宫和双子宫等。
(1) 单角子宫：一侧苗勒管缺陷或发育停止，则形成单角子宫，部分且附有残角子宫。单角子宫的妊娠，大约有一半流产，附有残角子宫的，当妊娠子宫扩张后，残角子宫对其有刺激作用，故流产率更高。
(2) 双子宫：双子宫的容量与单角子宫相似，但双子宫有较好的血供，两子宫之间有侧支循环可利用，但双子宫的流产率仍然很高。其干扰妊娠正常发展的机制不明，可能由于子宫腔内压力增高，并伴有相对性宫颈功能不全，而引起孕中期流产。与双子宫有关的黄体功能不全导致局部血供不足，可引起早期流产。与双子宫有关的反复流产者，可能同时存在其他病因，故在进行矫治术前，必须排除其他引起流产的因素。
(3) 双角子宫：这是两侧副中肾管融合不完全所致，因其融合位置的高低，有时双角分开如双子宫样，有时仅宫底内凹，流产率较高。
另外，胎内接触乙烯雌酚治疗者，常有子宫、子宫颈发育异常，如“T”形宫腔、宫腔中段紧缩狭窄、宫腔充盈缺损、边缘不整等，甚至发生透明细胞癌。